Wally提示我误解新手… 该是文件写入方式不一样源于unix的文件管理。

惭愧，所以查阅了下苹果官方对于disk optimization的解释。

这里简单翻译下，希望能有所帮助。

简要

磁盘优化是一个磁盘上物理文件地址的合理优化排列过程。文件和元数据重新归类写入，减少文件和数据提取的时间，以提高数据调用的效率。

时间久了，有的单一文件被存放在不同盘符和位置，电脑里文件存放确实会出现很多碎片文件。把这些文件重新合理的放到一起，就像你整理书包，东西太多那就把小件的可以放到空隙里，一个类型的东西也可以归类在一个区域。这样可以方便你随时调用。不过有时候在这个优化的过程中，如果突然断电或者出现其他意外，有可能会损坏你的文件。

是否需要优化

• 时代变了，现在的不像几年前了，电脑原配的硬盘都至少几百个GB了，所以你也不必要花时间和精力去总是优化磁盘。不过像我这样硬盘只有80G，剩余空间每日不足3GB的，有时需要拿U盘来帮忙的，也许稍微有点用处。
• Mac OS X 从10.2对于Mac OS X扩展磁盘格式支持延迟分配的功能，这就允许把一个个小的文件集合为一个大文件后存放到同一个区域。
• 碎片问题往往是一些文件的不断附加造成，特别是在有资源交叉的情况。目前硬盘的运转速度和缓存能力都有很大改进，同时程序的打包格式也是改进很多。Mac OS X 10.3 Panther就可以自动将缓慢积累的磁盘碎片进行整理。这个过程被成为“热文件的的自适应聚类”  (Hot-File-Adaptive-Clustering)。
• 那些反复多次调用的读前和写后缓存文件，意味着一些小的磁盘零碎文件对系统的运行事实上没有影响。

这其实也是告诉我们，磁盘碎片整理其实并没有多少必要。

注释：

在Mac OS X系统中，有成千上万的小文件，而且这些小文件很多都极少被调用。去优化整理这些文件实际上只是给系统添加了根多的麻烦。然而很多被存放在活跃区域（Hot band）随时被系统读取的文件却可能在你执行完碎片整理，重期之后全部被清除掉了。这反而会影响到系统更好更人性化的运行。

如果你真的非要整理磁盘碎片

我建议你，把机子重启下吧。这也许是最方便最快速最有效的方法。